Η εκπαιδευτική μεθοδολογία που χρησιμοποιείται στο πρόγραμμα είναι αυτή της μικτής ή συνδυαστικής εκπαιδευτικής διαδικασίας (blended learning), η οποία συνδυάζει την διδασκαλία «πρόσωπο με πρόσωπο» (δηλαδή την συμβατική διδασκαλία σε αίθουσα), με τη διδασκαλία που γίνεται με την διαμεσολάβηση του ηλεκτρονικού υπολογιστή και του διαδικτύου. Δηλαδή, συνδυάζει την συμβατική εκπαιδευτική διαδικασία της διδασκαλίας σε αίθουσα, με την χρήση μεθόδων εξ αποστάσεως εκπαίδευσης.
Οι συναντήσεις του προγράμματος πραγματοποιούνται στην Αθήνα ή εξ αποστάσεως και διεξάγονται σε μη εργάσιμες ημέρες και ώρες. Επιπλέον, το πρόγραμμα χρησιμοποιεί υποστηρικτική διδασκαλία μέσω της χρήσης εικονικών περιβαλλόντων μάθησης (virtual learning environments - VLEs) και άλλων σύγχρονων τεχνολογικών μέσων. Αυτό περιλαμβάνει ευκαιρίες για προσωπική αλληλεπίδραση κάθε φοιτήτριας και φοιτητή με τα μέλη του εκπαιδευτικού προσωπικού, κατά την διάρκεια της οποίας οι φοιτητές μπορούν να λάβουν ατομική βοήθεια ή εξατομικευμένη ανατροφοδότηση σχετικά με την πρόοδό τους.
Ειδικά διαμορφωμένα εργαλεία εξ αποστάσεως εκπαίδευσης είναι το e-class, το Microsoft Teams, το Webex κ.ά., αξιοποιούνται για την συνεχή επικοινωνία φοιτητών και καθηγητών με στόχο τα βέλτιστα μαθησιακά αποτελέσματα. Η εξ αποστάσεως εκπαίδευση υποστηρίζει τη χρήση της σύγχρονης εκπαιδευτικής μεθοδολογίας και σε συνδυασμό με την δια ζώσης εκπαίδευση συμβάλει στην αποτελεσματική δια βίου μάθηση.
Επιπλέον στο τέλος κάθε εξαμήνου πραγματοποιείται αξιολόγηση κάθε μαθήματος και κάθε διδάσκουσας/διδάσκοντα από τους μεταπτυχιακές/μεταπτυχιακούς φοιτήτριες/φοιτητές. Συγκεκριμένο ερωτηματολόγιο με ερωτήσεις αξιολόγησης διανέμεται στις/στους φοιτήτριες/φοιτητές του ΔΠΜΣ και εντός συγκεκριμένου χρονικού διαστήματος έχουν δικαίωμα να αξιολογήσουν το ΔΠΜΣ. Τα αποτελέσματα της αξιολόγησης λαμβάνονται υπόψη για τη βελτίωση του ΔΠΜΣ.